この問題は、同じような環境の別アプリでCrimsonを使ってたけど、問題のあったアプリではTomcatのクラスを使ってたために発生していた。ってオチらしい。
でも、CrimsonはJAXPを実装してないよ、と。
http://xml.apache.org/crimson/
最近は1.5か6だろうから、この辺りとか意識する必要があるのかな。
JAXP Compatibility Guide for the J2SE Platform, versions 1.4 and 1.5
JAXP Compatibility Guide for the J2SE 5 Platform（JAXP 互換性ガイド J2SE 5 Platform 用）
XML in the Java Platform Standard Edition (Java SE) 6（Java Platform Standard Edition (Java SE) 6 での XML）
