iBATIS Data Mapper Developer Guide#3.3.2. <parameter> Elements
ParameterMapにnullValue属性として設定すればいいみたい。
この設定で、パラメータマップのプロパティの値が"\0"ならカラムがnullになる訳です。
<parameterMap id="paramMap" class="HogeClass">
<parameter column="NOTE" property="note"
jdbcType="VARCHAR" javaType="java.lang.String"
nullValue="\0"
/>
</parameterMap>ResultMapでnullValue属性を設定すれば、カラムがnullの場合に、指定された値がオブジェクトに設定されるみたい。